正義感の高い女学生、清峰純（きよみね・じゅん）は、怪人に襲われている一般人をかばい、怪人に殺されてしまう。しかしその正義感を神に見込まれ、悪の魔女ディファイラを倒す戦士として変身する力を授かり、魔法美少女戦士ピュアティーとして悪と戦う事に！ディファイラは宿敵、ピュアティーを倒すために怪力怪人・ストレンガを使いピュアティー抹殺を企てる！果たしてピュアティーはディファイラの野望を阻止できるのか！